تتمثّل مهمة «كوثر » في المساهمة في تمكين النساء العربيات اقتصاديا واجتماعيا وسياسيا حتى تمارس حقوقها الإنسانية كاملة، وذلك عبر إنتاج المعارف والرفع من قدرات المؤسسات الإقليمية والوطنية ومكونات المجتمع المدني على المناصرة من أجل المساواة بين الجنسين والنهوض بالمرأة وتكثيف تواجدها في مراكز صنع القرار.